自2011年2月17日起，东航(上航)与华航、华信在两岸航线上执行代码共享，实行自由销售。具体航线为“浦东—台北”、“虹桥、浦东—松山”、“西安—台北”、“南京—台北”、“宁波—台北”、“青岛—台北”等。代码共享航线将于1月17日进入电脑销售。
东航和华航有着亲密的合作关系。早在2003年，两家航空公司就携手为第一架台商春节包机的破冰之旅提供了良好的服务保障，共同见证了历史性时刻。而随着两岸春节包机、节日包机、周末包机、常态包机和两岸直航的逐步实现，双方合作逐步加深。2009年12月，东航和华航启动了空中乘务员双向交流活动，开启了大陆和台湾航空公司之间的第一次深度合作。
随着2010年5月，两岸航空运输第三次沟通工作会议上达成的，在两岸航空公司营运航线上，可与同一方或对方具有该航线营运权的航空公司签署商业合作协议，进行购舱或代号共享等商业合作。加之2010年9月，华航正式宣布意向加入天合联盟，与东航成为更紧密的联盟合作伙伴。
在良好的合作基础和背景下，东航(上航)与华航、华信一致表达了合作意愿，在两岸航线上开展代号共享合作，共同扩大两岸航空市场份额，为两岸民众带来更优质、更高效的服务，同时进一步推动两岸民航业的蓬勃发展。
航线表：
航线
承运方
市场方
班期
机型
浦东-桃园
CI502
CI504
MU5007
MU5005
MU8902
MU8904
CI8000
CI8002
1234567
57
1234567
157
744
744
346
332
桃园-浦东
CI501
CI503
MU5008
MU5006
MU8901
MU8903
CI8001
CI8003
1234567
57
1234567
157
744
744
346
332
虹桥-松山
CI202
MU5097
MU8906
CI8006
123467
1234567
321
738
松山-虹桥
CI201
MU5098
MU8905
CI8005
123467
1234567
321
738
西安-桃园
CI562
MU2037
MU8908
CI8008
15
6
333
320
桃园-西安
CI561
MU2038
MU8907
CI8007
15
6
333
320
青岛-桃园
CI532
MU2041
MU8910
CI8010
36
4
333
320
桃园-青岛
CI531
MU2042
MU8909
CI8009
36
4
333
320
南京-桃园
AE988
MU5001
MU8912
AE5002
246
123567
333
321
桃园-南京
AE987
MU5002
MU8911
AE5001
246
123567
333
321
宁波-桃园
AE990
MU2009
MU8914
AE5004
1346
24567
333
320
桃园-宁波
AE989
MU2010
MU8913
AE5003
1346
24567
333
320
虹桥-松山
CI202
FM851
FM8202
CI8022
123467
257
738
738
松山-虹桥
CI201
FM852
FM8201
CI8021
123467
257
738
738
南京-桃园
AE988
FM805
FM8988
AE5022
246
147
333
738
桃园-南京
AE987
FM806
FM8987
AE5021
246
147
333
738
来源：新浪网
